Nachträgliche Nutzungsänderung möglich?

Guten Tag!

Ich habe im letzten Jahr ein Haus aus dem Jahr 1892 erworben. In dem Haus ging es mir vor allen Dingen um eine darin befindliche, frisch renovierte Wohnung die ich für mich persönlich zu Wohnzwecken nutzen wollte. Bei näherer Begutachtung des Hauses jedoch, viel mir das Potential dieser Immobilie auf. (200 m2 Dachboden mit Deckenhöhe 5 m, nebenan eine alte Sanierungsbedürftige Arztpraxis die schon seit 5 Jahren leer stand) Da ich als Projektmanager im Bau arbeite, Fragte ich meinen Geschäftsführer (Architekt) ob er für mich eine Nutzungsänderung für den Bau beantragen könne. Laut seiner Aussage "Kein Problem, wird erledigt!" Nachdem ich nun fast 320.000 € in den Ausbau dieser Immobilie gesteckt habe steht nun das Bauamt bei mir vor der Tür. Da ich mittlerweile die Arbeitsstelle aus Karrieregründen gewechselt habe, ist mein alter Chef natürlich nicht gut auf mich zu sprechen. Ich konnte jedoch über einen alten Arbeitskollegen herausfinden, dass der bereits fertige und mir auch inzwischen vorliegende Nutzungsänderungsantrag nie eingereicht wurde. Da es auch kein schriftliches Vertragsverhältnis zwischen mir und meinem Chef bezüglich des Nutzungsänderungsantrags gab, werde ich Ihn dafür wohl nicht mehr haftbar machen können. Des Weiteren konnte ich aus dem Nutzungsänderungsantrag entnehmen, dass auch die 1. Wohnung, wegen der ich ja die Immobilie gekauft hatte und die ich auch zur Zeit noch bewohne, nicht genehmigt ist. Ich habe nun fast 400.000 € für das ganze Projekt aufgewendet und sitze meines Erachtens nach nun auf einem riesigen Schwarzbau. Das mir da Handwerkliche Fehler unterlaufen sind, (Ich hätte den Zugang der Baugenehmigung prüfen und abwarten müssen) ist mir klar. Ich habemich bei der Sanierung bzw. der Errichtung der Wohnungen an alle geltenden Vorschriften die auch aus dem Nutzungsänderungsantrag hervorgehen (2. Fluchtweg in Aufenthaltsräumen, Brandschutz und Schalllschutz) gehalten. Von Gefahr im Verzug kann im Regelfall also keine Rede sein. Wichtig wäre noch zu erwähnen, dass die Umliegenden Häuser auch zu Wohnzwecken genutzt werden. Hier nun meine Frage:

Was könnte mir schlimmstenfalls drohen und was ist wahrscheinlich?
Kann man einen Nutzungsänderungsantrag auch nachträglich einreichen?
Kann ich als Eigentümer meine Immobillie auch ohne Genehmigung bewohnen, sofern alle Gesetzlichen Vorschriften für Wohnraum eingehalten werden?

Die Nichtgenehmigung würde, trotz meiner guten finanziellen Verhältnisse, in jedem Fall meine Privatinsolvenz bedeuten.